【示例】CRISPR-Cas9 是怎么“剪”基因的

示例内容:用一页纸讲清 gRNA、PAM 与 Cas9 的分工。

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三个角色

  • gRNA:约 20 nt 的向导序列,负责“找位置”;
  • PAM:紧邻靶点的 NGG 序列,Cas9 只在它旁边动刀;
  • Cas9:核酸酶,在 PAM 上游约 3 bp 处造成双链断裂。

一段找 PAM 的小代码

import re
seq = "ATGCTGACCGGTTAGCAGGCTTACGG"
for m in re.finditer(r"(?=([ACGT]{20})[ACGT]GG)", seq):
    print(m.start(), m.group(1))

编辑效率常用 来衡量。